ebuildは--enable-kdriveしかしないので、Xephyrをインストールするには必要なライブラリを全部emergeなり手動なりなんなりの方法でインストールする必要がある。
xorg-serverのconfigureによると、
XEPHYR_REQUIRED_LIBS="x11 xext xfont xau xdmcp"
なので、
pkg-config --exists x11 xext xfont xau xdmcp && echo ok
とか、pkg-config --list-allのようにしてシステムにライブラリが存在するかどうかをチェックする。