HVMに導入したWindowsが何もしていなくてもCPUを喰う

「何もしていなくても」というのはユーザの感覚であって、何かしらやっているという意識が必要。
今回のケースではSecunia PSIが原因だった。ログオフ時とログイン時の負荷が違うときは常駐タスクをチェックする価値があるかも知れない。